1999年清华大学应用数学系更名为数学科学系并建立基础数学研究所。1998年获基础数学博士点，2001年获得基础数学国家重点学科。

研究方向包括：数论与算术几何，代数与几何表示论、量子代数，微分几何与数学物理，泛函分析与非线性分析，复动力系统、复分析和调和分析。

本所在职教师37人， 其中教授22人、副教授15人。

所长：陈大广  副所长：孙晟昊

教授：步尚全、陈志杰、崔建莲、邓邦明、扶磊、郭玉霞、李海中、林勇、刘正伟、马辉、邱宇、单芃、吴云辉、杨晓奎、姚家燕、张广远、张贺春、郑建华、周坚、朱彬、邹文明、左怀青

副教授：艾颖华、陈大广、刁晗生、鲁自群、马连荣、马仁义、孙晟昊、吴宝森、肖建、徐斌、徐帆、徐国义、杨晶、姚国武、朱敏娴