1999年清华大学应用数学系更名为数学科学系并建立基础数学研究所。1998年获基础数学博士点，2001年获得基础数学国家重点学科。
1999年清华大学应用数学系更名为数学科学系并建立应用数学与概率统计研究所。1984年获得应用数学博士授予权，2001年被列入应用数学国家重点学科。
清华大学计算数学与运筹学研究所于1999年由清华大学应用数学系计算数学教研室与运筹学教研室合并而成，1981年获得博士学位授予权。
1999清华大学应用数学系更名为数学科学系，2018年成立数学教育研究所。
