由系友捐赠，部分已设立的基金有：

陈省身访问讲席教授基金、

华罗庚纪念奖学金、

林家翘奖学金、

熊庆来奖学金、

赵访熊奖学金、

萧树铁应用数学基金、

孙念增奖学金、

李欧奖学金、

郑宗柽奖学金、

魏文慧奖励学基金、

王家秀奖学金、

清华校友—数学系系友奖学金、

冯仲云奖学基金、

数学系涌泉项目（回馈退休教师）、

数学系贫困生助学金、

罗贤润奖学金、

清华校友—数学系韩迪奖学金，等。

曾进行捐赠的部分系友：林家翘（1937级），王家秀（1957级），魏文慧（1977级），罗建刚（1986级），秦晓（1993级），刘强（1999级），周振亚（2002级硕），罗贤润（2004级），韩迪（2007级），等。